Використання мультиплексних праймерів для виявлення РНК вірусу чуми м’ясоїдних методом ПЛР
Анотація
З урахуванням високої контагіозності та швидкого поширення вірусу чуми м’ясоїдних, своєчасна та точна діагностика відіграє ключову роль у запобіганні епідеміям та вжиття заходів щодо контролю за захворюванням. Мета дослідження – провести оцінку ефективності використання мультиплексних праймерів у методі полімеразної ланцюгової реакції для виявлення рибонуклеїнової кислоти вірусу чуми м’ясоїдних. Дослідження включало аналіз зразків, таких як сироватка крові і змив з кон’юнктиви очей у 50 тварин з клінічними проявами захворювання. В рамках експерименту проводився збір клінічних зразків, таких як сироватка крові та змив з кон’юнктиви очей. Отримані результати демонструють високу специфічність розроблених праймерів. Ці праймери виділяються тим, що вони використовують дві пари однієї й тієї ж ділянки гена з різними варіабельними послідовностями, які є специфічними для всіх штамів вірусу чуми м’ясоїдних. У процесі полімеразної ланцюгової реакції обидві пари праймерів застосовуються одночасно за рівних концентрацій та однакових умов. Додаткова полімеразна ланцюгова реакція, проведена з використанням цих праймерів при оптимальній температурі відпалу, підтвердила успішну ампліфікацію та специфічність праймерів. Відсутність димерів та неспецифічних продуктів у негативному контролі підтверджує чистоту та надійність отриманих результатів. Таким чином, дані результати переконують у тому, що використання цих мультиплексних праймерів полімеразної ланцюгової реакції дозволяє ефективно виявляти рибонуклеїнову кислоту вірусу чуми м’ясоїдних різних штамів. Розроблені мультиплексні праймери представляють інноваційний метод для діагностики вірусу чуми м’ясоїдних з потенціалом для застосування у ветеринарній практиці та контролю захворювань тварин
Ключові слова
олігонуклеотиди; специфічність; відпал; ефективність діагностики; біологічні зразки; ампліфікація
[1] Alfano, F., Fusco, G., Mari, V., Occhiogrosso, L., Miletti, G., Brunetti, R., Galiero, G., Desario, C., Cirilli, M., & Decaro, N. (2020). Circulation of pantropic canine coronavirus in autochthonous and imported dogs, Italy. Transboundary and Emerging Diseases, 67(5), 1991-1999. doi: 10.1111/tbed.13542.
[2] Alfano, F., Lanave, G., Lucibelli, M.G., Miletti, G., D’Alessio, N., Gallo, A., Auriemma, C., Amoroso, M.G., & Lucente, M.S. (2022). Canine distemper virus in autochtonous and imported dogs, Southern Italy (2014-2021). Animals, 12(20), article number 2852. doi: 10.3390/ani12202852.
[3] Altay, K., Erol, U., Sahin, O.F., Aydin, M.F., Aytmirzakizi, A., & Dumanli, N. (2023). First molecular evidence of babesia vogeli, babesia vulpes, and theileria ovis in dogs from Kyrgyzstan. Pathogens, 12(8), article number 1046. doi: 10.3390/pathogens12081046.
[4] Beineke, A., Puff, C., Seehusen, F., & Baumgartner, W. (2009). Pathogenesis and immunopathology of system icandnervous canine distemper. Veterinary Immunology and Immunopathology, 127(1-2), 1-18. doi: 10.1016/j. vetimm.2008.09.023.
[5] Beus, K., Goudarztalejerdi, A., & Alireza, S. (2023). Molecular detection and identification of hemotropic Mycoplasma species in dogs and their ectoparasites in Iran. doi: 10.21203/rs.3.rs-2917011/v1.
[6] Ergunay, K., Mutinda, M., Bourke, B., Justi, S.A., Caicedo-Quiroga, L., Kamau, J., Mutura, S., Akunda, I.K., Cook, E., & Gakuya, F. (2022). Metagenomic investigation of ticks from kenyan wildlife reveals diverse microbial pathogens and new country pathogen records. Frontiers in Microbiology, 13, article number 932224. doi: 10.3389/fmicb.2022.932224.
[7] Gedik, Y., & Kavuncu, O. (2021). Determination of mucopolysaccharidosis IIID in some goat breeds. Turkish Journal of Veterinary & Animal Sciences, 45(5), 964-968. doi: 10.3906/vet-2101-41.
[8] Karki, M., Rajak, K.K., & Singh, R.P. (2022). Canine morbillivirus (CDV): A review on current status, emergence and the diagnostics. VirusDisease, 33, 309-321. doi: 10.1007/s13337-022-00779-7.
[9] Lanszki, Z., Zana, B., Zeghbib, S., Jakab, F., Szabó, N., & Kemenesi, G. (2021). Рrolonged infection of canine distemper virus in a mixed-breed dog. Veterinary Sciences, 8(4), article number 61. doi: 10.3390/vetsci8040061.
[10] Nayak, R.M., Jadav, K.K., Rajput, N., Gupta, S., Rokde, A., & Singh, K.P. (2020). Surveillance of major canine pathogens in feral dogs and big cats at the domestic-wildlife interface in panna tiger reserve. Indian Journal of Animal Research, 10(2), 303-338.
[11] Ricci, I., Cersini, A., Manna, G., Marcario, G.A., Conti, R., Brocherel, G., Grifoni, G., Eleni, C., & Scicluna, M.T. (2021). A canine distemper virus retrospective study conducted from 2011 to 2019 in central italy (latium and tuscany regions). Viruses, 13(2), article number 272. doi: 10.3390/v13020272.
[12] Safarov, A., Akramova, F., & Azimov, D. (2021). Updates on the distribution and host spectrum of Dirofilaria repens in the Republic of Uzbekistan. Parasitology Research, 120, 3987-3992. doi: 10.1007/s00436-02107347-w.
[13] Saltik, H., & Kale, M. (2020). Evaluation of infection with N protein-specific Immunoglobulin M and G in naturally occurring distemper in dogs. Veterinarni Medicina, 65, 168-173. doi: 10.17221/31/2019-VETMED.
[14] Takeda, M., Seki, F., Yamamoto, Y., Nao, N., & Tokiwa H. (2020). Animal morbilliviruses and their cross-species transmission potential. Current Opinion in Virology, 41, 38-45. doi: 10.1016/j.coviro.2020.03.005.
[15] Tan, B., Wen, Y.J., Wang, F.X., Zhang, S.Q., Wang, X.D., Hu, J.X., Shi, X.C., Yang, B.C., Chen, L.Z., & Cheng, S.P. (2011). Pathogenesis and phylogenetic analyses of canine distemper virus strain ZJ7 isolate from domestic dogs in China. Virology Journal, 8, article number 520. doi: 10.1186/1743-422X-8-520.
[16] Trogu, T., Canziani, S., Salvato, S., Bianchi, A., Bertoletti, I., Gibelli, L.R., Alborali, G.L., Barbieri, I., Gaffuri, A., Sala, G., Sozzi, E., & Lelli, D. (2021). Canine distemper outbreaks in wild carnivores in Northern Italy. Viruses, 13(1), article number 99. https://doi.org/10.3390/v13010099
[17] Uakhit, R., Smagulova, A., Syzdykova, A., Abdrakhmanov, S., & Kiyan, V. (2022). Genetic diversity of Echinococcus spp. in wild carnivorous animals in Kazakhstan. Veterinary World, 15(6), 1489-1496. doi: 10.14202/ vetworld.2022.1489-1496.
[18] Worsley-Tonks, K.E.L., Gehrt, S.D., Miller, E.A., Singer, R.S., Bender, J.B., Forester, J.D., & McKenzie, S.C. (2021). Comparison of antimicrobial-resistant escherichia coli isolates from urban raccoons and domestic dogs. Applied and Environmental Microbiology, 87(15), article number e0048421. doi: 10.1128/AEM.00484-21.
[19] Yamamoto, Y., Nakano, S., Seki, F., Shigeta, Y., Ito, S., Tokiwa, H., & Takeda, M. (2021). Computational analysis reveals a critical point mutation in the n-terminal region of the signaling lymphocytic activation molecule responsible for the cross-species infection with canine distemper virus. Molecules, 26(5), article number 1262. doi: 10.3390/molecules26051262.
[20] Yang, D.K., Kim, H.H., Lee, S., Yoon, Y.S., Park, J., Oh, D., Yoo, J.Y., Ji, M., Han, B., Oh, S., & Hyun, B.H. (2020). Isolation and molecular characterizations of canine distemper virus from a naturally infected Korean dog using Vero cells expressing dog signaling lymphocyte activation molecule. Journal of Veterinary Science, 21(5), article number e64. doi: 10.4142/jvs.2020.21.e64.